Le Maroc aida les tribus sahraouies à lutter contre les colons espagnols jusqu’en 1912, date à laquelle il fut placé sous protectorat français. En 1965, l’ONU pousse l’Espagne à décoloniser le territoire. Cependant, les rivalités entre le Maroc, l’Algérie et la Mauritanie empêchent la constitution d’un front contre l’occupation espagnole.

Les nationalistes sahraouis revendiquent leur indépendance et créent en 1973 le Front Polisario (Front Populaire pour la Libération de la Saguia el-Hamra et du Río de Oro). Mais ni eux ni l’Algérie ne seront écoutés, et en 1975, le Maroc lance la "marche verte", une "invasion pacifique" pour faire sortir l’Espagne du Sahara occidental.

En 1976, le Polisario proclame l’indépendance de la République Arabe Sahraouie Démocratique (RASD). Elle est reconnue par l’Organisation pour l’Unité Africaine (OUA) et par 70 pays dans le monde, essentiellement des pays du tiers-monde, les pays occidentaux ne voulant pas pénaliser leurs alliances avec le Maroc. Le Maroc est le seul pays africain non-membre de l’OUA, en raison de cette reconnaissance.

La situation aujourd’hui

En 1991, un cessez-le-feu est organisé par les Nations Unis. En échange, un référendum aurait du être organisé en 1992, où les sahraouis devaient décider de leur avenir. Seulement ce référendum a été reporté plusieurs fois de suite. Aujourd'hui, il n’a toujours pas eu lieu.

En 2002, l’ONU qualifie pour la 1e fois le Maroc de puissance administrante. En 2005, des manifestations et émeutes ont eu lieu, principalement dans la ville de Laâyoune (sous contrôle marocain), à la suite desquelles des sahraouis ont été emprisonnés et des journalistes qui tentaient de les interroger ont été expulsés.

Ce conflit s’avère difficile à résoudre et est un véritable enjeu dans les relations entre le Maroc et l’Algérie. Peter Van Walsum, envoyé spécial du secrétaire de l’ONU a même déclaré que pour lui, "l’indépendance du Sahara Occidental était un objectif inatteignable", car il n’y avait pas assez de pressions sur le Maroc de la part des autres pays pour que le Maroc abandonne ce territoire.